Fleuron de l’architecture cistercienne des XIIe et XIIIe siècle, l’église abbatiale reste le principal vestige de la célèbre abbaye Notre-Dame fondée là en 1114. Le 30 ou 31 mai de cette année, un groupe de moines, conduit par Hugues de Macon, compagnon de saint Bernard et futur évêque d’Auxerre, s’installait en ces lieux. Ainsi naquit la seconde des quatre « fille » de Cîteaux, après La Ferté (1113), et peu avant Morimond et Clairvaux (1115).

Pillée par les troupes anglaises d’Edouard III, au cours de la Guerre de Cents Ans, puis par les Protestants en 1567 et 1569 pendant les guerres de Religion, l’abbaye fut en très grande partie détruite par la Révolution ; seuls en réchappèrent le bâtiment de frères convers, fortement remanié au XIXe siècle, et surtout la superbe église abbatiale, aujourd’hui paroissiale.

Fondée en 1843, la congrégation des Pères de St-Edme, vouée à l’évangélisation des campagnes, y installa son siège ; après son expulsion en 1901, les bâtiments furent rachetés par Paul Desjardins qui y organisa des rencontres philosophiques et littéraires connues sous le nom de « décades de Pontigny ». En 1947, le site fut occupé par un collège franco-américain, puis, en 1954 par le séminaire de la Mission de France, qui ferma ses portes en 1968. L’ADAPT, centre de formation pour handicapés, s’y installa alors. Rachetés par la Région Bourgogne en 2003, les bâtiments, église exceptée, furent vendu en 2022 à la fondation Schneider, qui y met aujourd’hui en place un projet touristique et culturel.